در خصوص هزینه برخی فرودگاه‌ها از جمله نجف، اظهارات متعددی مطرح می‌شود؛ تعدادی از کارشناسان معتقدند این هزینه‌ها بالاست و سازمان هواپیمایی کشوری باید مذاکراتی برای کاهش آن با طرف عراقی داشته باشد تا ضمن اعمال تخفیف، این پروازها برای شرکت‌ها هواپیمایی مقرون به صرفه شود. اما برخی می‌گویند این هزینه‌ها غیرمنطقی نیست و باید قیمت بلیت پروازها متعادل شود.

معاون سابق سازمان هواپیمایی معتقد است هرچند طرح توقف یکباره تمام پروازهای ایرلاین‌های ایرانی به فرودگاه نجف از نظر اقتصادی منطق قابل دفاعی ندارد، اما در این مورد خاص تنها اهرم فشار بر این فرودگاه به حساب می‌آید.