هیئت عمومی سازمان نظام مهندسی ساختمان، مهم ترین رکن سازمان محسوب می شود که متشکل از از تمامی اعضای اصلی هیئت مدیره سازمان‌های استان در کشور است. همچنین شورای مرکزی متشکل از ۲۵ نفر عضو اصلی و ۷ نفر عضو علی‌البدل از بین دو برابر اعضای هیئت مدیره سازمان های نظام مهندسی ساختمان 31 استان کشور تشکیل شده است که هیئت عمومی آنها را انتخاب و به وزیر راه و شهرسازی معرفی می کند